Clone: 1213189838248655 A12
Tagged gene: tud
Identifier: FBgn0003891
| Clone | FlyFos019785(pRedFlp-Hgr)(tud[18320]::S000169_fly_pretag)::2XTY1-SGFP-V5-preTEV-BLRP-3XFLAGdFRT |
|---|---|
| Library | FlyFos 5.43 D.mel in E. coli EPI300 |
| Genome | Species: Drosophila melanogaster, Release: 5.43 |
GenBank
GFF
Validation(click to hide details)
| Type | Status | Download / View |
|---|---|---|
| Grows in selection | good | |
| NGS-based tag validation | bad | |
| Whole tag sequencing | full | download [show/hide details] |
GENOME<<>>TAG TAG<<>>GENOME
PREDICTED ATTCCAGGTAGAGATTCTGGCCACCAAGGGAACTGGCACCCATGTCGTACGACTCTTCTACCAGAGCAAGAACATCAGCGAGAAGCTTCAGGAATGTCAGGAAGTGCATACCAATCAGGACCCGCTGGACGAGGTTCACACAAACCAAGATCCACTTGATGAATTCATGGTGTCCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGCGTGGTGCCCATCCTGGTGGAGCTGGATGGCGACGTGAACGGCCACAAGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGATCACATGAAGCAGCACGATTTCTTCAAGAGCGCCATGCCCGAGGGCTACGTGCAGGAGCGCACCATCAGCTTCAAGGATGACGGCACCTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGATACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGATTTCAAGGAGGATGGCAACATCCTGGGCCACAAGCTGGAGTACAACTTCAACAGCCACAACGTGTACATCACCGCCGATAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGCCAACTTCAAGATCCGCCACAATGTGGAGGATGGCTCCGTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGGTGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGTGGCGCAGCAACGCCGGCGGCAGCGGATCCTCGGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGTCGACAGATTATAAAGACCACGATGGAGACTATAAAGATCATGACATTGACTACAAGGATGACGACGACAAGTGATCACCCCGTTGTACAGTCAGATCGGACTCATATGTGCTCCATGCAGGAGATTGTGATTGGGTTGGCTAAAAACATGCGATGTATTATCCATTAAGTT
COVERAGE 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222221111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222212222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222212222222222222
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EV6 ATTCCAGGTAGAGATTCTGGCCACCAAGGGAACTGGCACCCATGTCGTACGACTCTTCTACCAGAGCAAGAACATCAGCGAGAAGCTTCAGGAATGTCAGGAAGTGCATACCAATCAGGACCCGCTGGACGAGGTTCACACAAACCAAGATCCACTTGATGAATTCATGGTGTCCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGCGTGGTGCCCATCCTGGTGGAGCTGGATGGCGACGTGAACGGCCACAAGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGGTGACCACCCTG
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
DS2 ACGGCCACAAGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGATCACATGAAGCAGCACGATTTCTTCAAGAGCGCCATGCCCGAGGGCTACGTGCAGGAGCGCACCATCAGCTTCAAGGATGACGGCACCTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGATACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGATTTCAAGGAGGATGGCAACATCCTGGGCCACAAGCTGGAGTACAACTTCAACAGCCACAACGTGTACATCACCGCCGATAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGCCAACTTCAAGATCCGCCACAATGTGGAGGATGGCTCCGTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGGTGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGTGGCGCAGCAACGCCGGCGGCAGCGGATCCTCGGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGTCGACAGATTATAAAGACCACGATGGAGACTATAAAGATCATGACATTGACTACAAGGATGACGACGACAAGTGATCACCCCGTTGTACAGTCAGATCGGACTCATATGTGCTCCATGCAGGAGATTGTGATTGGGTTGGCTAAAAACATGCGATGTA-TATCCATTAAGTT
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EV1 GGCTC-GTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGGTGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGTGGCGCAGCAACGCCGGCGGCAGCGGATCCTCGGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGTCGACAGATTATAAAGACCACGATGGAGACTATAAAGATCATGACATTGACTACAAGGATGACGACGACAAGTGATCACCCCGTTGTACAGTCAGATCGGACTCATATGTGCTCCATGCAGGAGATTGTGATTGGGTTGGCTAAAAACATGCGATGTATTATCCATTAAGTT
|
||
Genes in pFlyFos vector(click to hide details)
| Gene | Clone relative | Genome relative | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Name | Length | Start | End | Strand | Start | End | Strand |
| DsRed | 716 | 8417 | 9132 | + | 8417 | 9132 | + |
Features(click to show details)
| Start (Source) | End (Source) | Start | End | Strand | Type | Name | Source | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| pFlyFos | ||||||||
| 1 | 107 | 1 | 107 | - | cds | LacZ | epicentre | |
| 4 | 21 | 4 | 21 | - | primer_bind | CC2_rev | epicentre | |
| 310 | 593 | 310 | 593 | + | misc_recomb | attB | epicentre | |
| 727 | 1386 | 727 | 1386 | - | cds | Cat | epicentre | |
| 1605 | 1952 | 1605 | 1952 | + | cds | redF | epicentre | |
| 2336 | 2953 | 2336 | 2953 | + | rep_origin | oriV | epicentre | |
| 2953 | 3007 | 2953 | 3007 | + | rep_origin | ori2 | epicentre | |
| 3347 | 4102 | 3347 | 4102 | + | cds | repE | epicentre | |
| 4681 | 5856 | 4681 | 5856 | + | cds | parA | epicentre | |
| 5856 | 6827 | 5856 | 6827 | + | cds | parB | epicentre | |
| 6900 | 7417 | 6900 | 7417 | + | repeat_region | parC | epicentre | |
| 7633 | 8031 | 7633 | 8031 | + | misc_binding | cos | epicentre | |
| 8049 | 8082 | 8049 | 8082 | + | misc_recomb | loxP | epicentre | |
| 8182 | 8416 | 8182 | 8416 | + | promoter | 3xP3 | epicentre | |
| 8417 | 9132 | 8417 | 9132 | + | gene | DsRed | epicentre | |
| 8452 | 9132 | 8452 | 9132 | + | cds | DsRed | epicentre | |
| 9284 | 9334 | 9284 | 9334 | + | terminator | SV40 | epicentre | |
| 9408 | 9630 | 9408 | 9630 | - | cds | LacZ | epicentre | |
| 9559 | 9576 | 9559 | 9576 | + | primer_bind | T7 | epicentre | |
| 9610 | 9627 | 9610 | 9627 | + | primer_bind | CC2_fwd | epicentre | |
| dmel-5.43-2R | ||||||||
| 17081078 | 17086936 | 11013 | 16871 | - | gene | CG15658 | coding_transcript | |
| 17070937 | 17079903 | 18046 | 28074 | - | gene | tud | coding_transcript | |
| 17070937 | 17079903 | 18046 | 28074 | - | mrna | FBtr0071582 | coding_transcript | |
| 17076132 | 17079903 | 18046 | 22879 | - | exon | coding_transcript | ||
| 17079632 | 17079903 | 18046 | 18317 | - | three_prime_utr | coding_transcript | ||
| 17076132 | 17079631 | 18318 | 22879 | - | cds | coding_transcript | ||
| p2XTY1-SGFP-V5-preTEV-BLRP-3XFLAG | ||||||||
| 2437 | 2470 | 18394 | 18427 | - | misc_recomb | FRT | CLC | |
| 2358 | 2429 | 18435 | 18506 | - | cds | BLRP | CLC | |
| 2337 | 2357 | 18507 | 18527 | - | cds | TEV | CLC | |
| 2313 | 2336 | 18528 | 18551 | - | cds | Precision cut site | CLC | |
| 2271 | 2312 | 18552 | 18593 | - | cds | V5 | CLC | |
| 1548 | 2264 | 18600 | 19316 | - | cds | SGFP | CLC | |
| 1482 | 1541 | 19323 | 19382 | - | cds | 2xTY1 | CLC | |
| dmel-5.43-2R | ||||||||
| 17076079 | 17076131 | 22880 | 22932 | - | intron | coding_transcript | ||
| 17075879 | 17076078 | 22933 | 23132 | - | exon | coding_transcript | ||
| 17075879 | 17076078 | 22933 | 23132 | - | cds | coding_transcript | ||
| 17075762 | 17075878 | 23133 | 23249 | - | intron | coding_transcript | ||
| 17075530 | 17075761 | 23250 | 23481 | - | exon | coding_transcript | ||
| 17075530 | 17075761 | 23250 | 23481 | - | cds | coding_transcript | ||
| 17075438 | 17075529 | 23482 | 23573 | - | intron | coding_transcript | ||
| 17074608 | 17075437 | 23574 | 24403 | - | exon | coding_transcript | ||
| 17074608 | 17075437 | 23574 | 24403 | - | cds | coding_transcript | ||
| 17074553 | 17074607 | 24404 | 24458 | - | intron | coding_transcript | ||
| 17073474 | 17074552 | 24459 | 25537 | - | exon | coding_transcript | ||
| 17073474 | 17074552 | 24459 | 25537 | - | cds | coding_transcript | ||
| 17073414 | 17073473 | 25538 | 25597 | - | intron | coding_transcript | ||
| 17072580 | 17073413 | 25598 | 26431 | - | exon | coding_transcript | ||
| 17072580 | 17073413 | 25598 | 26431 | - | cds | coding_transcript | ||
| 17072527 | 17072579 | 26432 | 26484 | - | intron | coding_transcript | ||
| 17072023 | 17072526 | 26485 | 26988 | - | exon | coding_transcript | ||
| 17072023 | 17072526 | 26485 | 26988 | - | cds | coding_transcript | ||
| 17071960 | 17072022 | 26989 | 27051 | - | intron | coding_transcript | ||
| 17071572 | 17071959 | 27052 | 27439 | - | exon | coding_transcript | ||
| 17071591 | 17071959 | 27052 | 27420 | - | cds | coding_transcript | ||
| 17071572 | 17071590 | 27421 | 27439 | - | five_prime_utr | coding_transcript | ||
| 17071303 | 17071571 | 27440 | 27708 | - | intron | coding_transcript | ||
| 17070937 | 17071302 | 27709 | 28074 | - | exon | coding_transcript | ||
| 17070937 | 17071302 | 27709 | 28074 | - | five_prime_utr | coding_transcript | ||
| 17062822 | 17070119 | 28892 | 36189 | - | gene | Pu | coding_transcript | |
| 17065259 | 17066141 | 32870 | 33752 | + | gene | CG4286 | coding_transcript | |
| 17058460 | 17062009 | 37002 | 40551 | - | gene | Xpd | coding_transcript | |
| 17057474 | 17058150 | 40861 | 41537 | + | gene | LSm1 | coding_transcript | |
| 17056465 | 17057515 | 41496 | 42546 | - | gene | CG9437 | coding_transcript | |
| 17049218 | 17056163 | 42848 | 49793 | + | gene | CG4266 | coding_transcript | |
Sets(click to hide details)
Oligos(click to hide details)
| Name/Sequence | Export |
|---|---|
|
tud[18320]::S000169_fly_pretag_rev
CCTGCATGGAGCACATATGAGTCCGATCTGACTGTACAACGGGGTGATCActtgtcgtcgtcatccttgtagtca
|
Fasta
|
|
tud[18320]::S000169_fly_pretag_fwd
GACTCTTCTACCAGAGCAAGAACATCAGCGAGAAGCTTCAGGAATGTCAGgaagtgcataccaatcaggacccgc
|
Fasta
|