Clone: 3185971607969933 A11
Tagged gene: CG7366
Identifier: FBgn0035855
| Clone | FlyFos015487(pRedFlp-Hgr)(CG7366[21035]::S000169_fly_pretag)::2XTY1-SGFP-V5-preTEV-BLRP-3XFLAGdFRT |
|---|---|
| Library | FlyFos 5.43 D.mel in E. coli EPI300 |
| Genome | Species: Drosophila melanogaster, Release: 5.43 |
GenBank
GFF
Validation
| Type | Status | Download / View |
|---|---|---|
| Grows in selection | good | |
| NGS-based tag validation | bad | |
| Whole tag sequencing | incomplete | download [show/hide details] |
GENOME<<>>TAG TAG<<>>GENOME
PREDICTED GGATCCCATAGGCAGGAGCAGCAAAGGTGAAAAAACCAATGATGTCGTGGATCTGGAGAAGTTATCTGACGCACTGAGCGATATGTCCATAGACAAATGGGAAGTGCATACCAATCAGGACCCGCTGGACGAGGTTCACACAAACCAAGATCCACTTGATGAATTCATGGTGTCCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGCGTGGTGCCCATCCTGGTGGAGCTGGATGGCGACGTGAACGGCCACAAGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGATCACATGAAGCAGCACGATTTCTTCAAGAGCGCCATGCCCGAGGGCTACGTGCAGGAGCGCACCATCAGCTTCAAGGATGACGGCACCTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGATACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGATTTCAAGGAGGATGGCAACATCCTGGGCCACAAGCTGGAGTACAACTTCAACAGCCACAACGTGTACATCACCGCCGATAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGCCAACTTCAAGATCCGCCACAATGTGGAGGATGGCTCCGTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGGTGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGTGGCGCAGCAACGCCGGCGGCAGCGGATCCTCGGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGTCGACAGATTATAAAGACCACGATGGAGACTATAAAGATCATGACATTGACTACAAGGATGACGACGACAAGTAATCCTCTAGCGACAGCACACTTTTATAAATATATATATTTTTATTTTCCTGTTGGCATCAATAAATCGTTGAGTTGCTTTAAAAACTTCCACGCCTCC
COVERAGE 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222212222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222002222222222222222222222221222222222222222222222222222222222222222111111111111111111111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EV6 GGATCCCATAGGCAGGAGCAGCAAAGGTGAAAAAACCAATGATGTCGTGGATCTGGAGAAGTTATCTGACGCACTGAGCGATATGTCCATAGACAAATGGGAAGTGCATACCAATCAGGACCCGCTGGACGAGGTTCACACAAACCAAGATCCACTTGATGAATTCATGGTGTCCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGCGTGGTGCCCATCCTGGTGGAGCTGGATGGCGACGTGAACGGCCACAAGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGGTGACCACCCTGA
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||**|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DS2 GGCGACGTGA-CGGCCACAAGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGATCACATGAAGCAGCACGATTTCTTCAAGAGCGCCATGCCCGAGGGCTACGTGCAGGAGCGCACCATCAGCTTCAAGGATGACGGCACCTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGATACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGATTTCAAGGAGGATGGCAACATCCTGGGCCACAAGCTGGAGTACAACTTCAACAGCCACAACGTGTACATCACCGCCGATAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGCCAACTTCAAGATCCGCCACAATGTGGAGGATGGCTCCGTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGGTGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGTGGCGCAGCAACGCCGGCGGCAGCGGATCCTCGGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGTCGACAGATTATAAAGACCACGATGGAGACTATAAAGATCATGACATTGACTACAAGGATGACGACGACAAGTAATCCTCTAGCG--AGCACACTTTTATAAATATATATA-TTTTATTTTCCTGTTGGCATCAATAAATCGTTGAGTTGC
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||**|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EV1 GGCTC-GTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGGTGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGTGGCGCAGCAACGCCGGCGGCAGCGGATCCTCGGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGTCGACAGATTATAAAGACCACGATGGAGACTATAAAGATCATGACATTGACTACAAGGATGACGACGACAAGTAATCCTCTAGCG--AGCACACTTTTATAAATATATATATTTTTATTTTCCTGTTGGCATCAATAAATCGTTGAGTTGCTTTAAAAACTTCCACGCCTCC
|
||
Genes in pFlyFos vector
| Gene | Clone relative | Genome relative | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Name | Length | Start | End | Strand | Start | End | Strand |
| DsRed | 716 | 8417 | 9132 | + | 8417 | 9132 | + |
Features
| Start (Source) | End (Source) | Start | End | Strand | Type | Name | Source | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| pFlyFos | ||||||||
| 1 | 107 | 1 | 107 | - | cds | LacZ | epicentre | |
| 4 | 21 | 4 | 21 | - | primer_bind | CC2_rev | epicentre | |
| 310 | 593 | 310 | 593 | + | misc_recomb | attB | epicentre | |
| 727 | 1386 | 727 | 1386 | - | cds | Cat | epicentre | |
| 1605 | 1952 | 1605 | 1952 | + | cds | redF | epicentre | |
| 2336 | 2953 | 2336 | 2953 | + | rep_origin | oriV | epicentre | |
| 2953 | 3007 | 2953 | 3007 | + | rep_origin | ori2 | epicentre | |
| 3347 | 4102 | 3347 | 4102 | + | cds | repE | epicentre | |
| 4681 | 5856 | 4681 | 5856 | + | cds | parA | epicentre | |
| 5856 | 6827 | 5856 | 6827 | + | cds | parB | epicentre | |
| 6900 | 7417 | 6900 | 7417 | + | repeat_region | parC | epicentre | |
| 7633 | 8031 | 7633 | 8031 | + | misc_binding | cos | epicentre | |
| 8049 | 8082 | 8049 | 8082 | + | misc_recomb | loxP | epicentre | |
| 8182 | 8416 | 8182 | 8416 | + | promoter | 3xP3 | epicentre | |
| 8417 | 9132 | 8417 | 9132 | + | gene | DsRed | epicentre | |
| 8452 | 9132 | 8452 | 9132 | + | cds | DsRed | epicentre | |
| 9284 | 9334 | 9284 | 9334 | + | terminator | SV40 | epicentre | |
| 9408 | 9630 | 9408 | 9630 | - | cds | LacZ | epicentre | |
| 9559 | 9576 | 9559 | 9576 | + | primer_bind | T7 | epicentre | |
| 9610 | 9627 | 9610 | 9627 | + | primer_bind | CC2_fwd | epicentre | |
| dmel-5.43-3L | ||||||||
| 8184372 | 8189673 | 11148 | 16449 | + | gene | MED24 | coding_transcript | |
| 8184622 | 8186216 | 11398 | 12992 | - | gene | CG7387 | coding_transcript | |
| 8189633 | 8190956 | 16409 | 17732 | - | gene | Ubc12 | coding_transcript | |
| 8191309 | 8192591 | 18085 | 19367 | + | gene | CG8005 | coding_transcript | |
| 8194173 | 8195496 | 20949 | 23334 | - | gene | CG7366 | coding_transcript | |
| 8194173 | 8195496 | 20949 | 23334 | - | mrna | FBtr0076721 | coding_transcript | |
| 8194173 | 8195496 | 20949 | 23334 | - | exon | coding_transcript | ||
| 8194173 | 8194256 | 20949 | 21032 | - | three_prime_utr | coding_transcript | ||
| 8194257 | 8195426 | 21033 | 23264 | - | cds | coding_transcript | ||
| p2XTY1-SGFP-V5-preTEV-BLRP-3XFLAG | ||||||||
| 2437 | 2470 | 21109 | 21142 | - | misc_recomb | FRT | CLC | |
| 2358 | 2429 | 21150 | 21221 | - | cds | BLRP | CLC | |
| 2337 | 2357 | 21222 | 21242 | - | cds | TEV | CLC | |
| 2313 | 2336 | 21243 | 21266 | - | cds | Precision cut site | CLC | |
| 2271 | 2312 | 21267 | 21308 | - | cds | V5 | CLC | |
| 1548 | 2264 | 21315 | 22031 | - | cds | SGFP | CLC | |
| 1482 | 1541 | 22038 | 22097 | - | cds | 2xTY1 | CLC | |
| dmel-5.43-3L | ||||||||
| 8195427 | 8195496 | 23265 | 23334 | - | five_prime_utr | coding_transcript | ||
| 8195740 | 8196446 | 23578 | 24284 | + | gene | CG13679 | coding_transcript | |
| 8202677 | 8203771 | 30515 | 31609 | - | gene | CG32364 | coding_transcript | |
| 8204990 | 8206722 | 32828 | 34560 | + | gene | CG8006 | coding_transcript | |
| 8208380 | 8209298 | 36218 | 37136 | + | gene | CG8012 | coding_transcript | |
| 8211332 | 8212083 | 39170 | 39921 | - | gene | CG13674 | coding_transcript | |
| 8215243 | 8216053 | 43081 | 43891 | + | gene | CG13678 | coding_transcript | |
Sets
Oligos
| Name/Sequence | Export |
|---|---|
|
CG7366[21035]::S000169_fly_pretag_rev
GAAAATAAAAATATATATATTTATAAAAGTGTGCTGTCGCTAGAGGATTActtgtcgtcgtcatccttgtagtca
|
Fasta
|
|
CG7366[21035]::S000169_fly_pretag_fwd
ATCTGGAGAAGTTATCTGACGCACTGAGCGATATGTCCATAGACAAATGGgaagtgcataccaatcaggacccgc
|
Fasta
|