Clone: 3185971607969933 A05
Tagged gene: CG6683
Identifier: FBgn0035902
| Clone | FlyFos015423(pRedFlp-Hgr)(CG6683[22069]::S000169_fly_pretag)::2XTY1-SGFP-V5-preTEV-BLRP-3XFLAGdFRT |
|---|---|
| Library | FlyFos 5.43 D.mel in E. coli EPI300 |
| Genome | Species: Drosophila melanogaster, Release: 5.43 |
GenBank
GFF
Validation
| Type | Status | Download / View |
|---|---|---|
| Grows in selection | good | |
| NGS-based tag validation | bad | |
| Whole tag sequencing | incomplete | download [show/hide details] |
GENOME<<>>TAG TAG<<>>GENOME
PREDICTED CGAAGCAAACCGAATTAAGGCGGAGAAACGCATTCTGGCCTACCTATGCAAATGCAATCTGCGCGCCCTGAACGACGAGCAAATCGATGATATAGTTATTGAAGTGCATACCAATCAGGACCCGCTGGACGAGGTTCACACAAACCAAGATCCACTTGATGAATTCATGGTGTCCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGCGTGGTGCCCATCCTGGTGGAGCTGGATGGCGACGTGAACGGCCACAAGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGATCACATGAAGCAGCACGATTTCTTCAAGAGCGCCATGCCCGAGGGCTACGTGCAGGAGCGCACCATCAGCTTCAAGGATGACGGCACCTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGATACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGATTTCAAGGAGGATGGCAACATCCTGGGCCACAAGCTGGAGTACAACTTCAACAGCCACAACGTGTACATCACCGCCGATAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGCCAACTTCAAGATCCGCCACAATGTGGAGGATGGCTCCGTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGGTGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGTGGCGCAGCAACGCCGGCGGCAGCGGATCCTCGGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGTCGACAGATTATAAAGACCACGATGGAGACTATAAAGATCATGACATTGACTACAAGGATGACGACGACAAGTAGGAAGATTGCCAAGATGATATAGTTATAAAGGAAGATTGCCATGATGATAAGTTAAATACATACATGCCGTGATAGGATATCAAAAGTAGCAAACATC
COVERAGE 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*****||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EV6 CGAAGCAAACCGAATTAAGGCGGAGAAACGCATTCTGGCCTACCTATGCAAATGCAATCTGCGCGCCCTGAACGACGAGCAAATCGATGATA-----ATTGAAGTGCATACCAATCAGGACCCGCTGGACGAGGTTCACACAAACCAAGATCCACTTGATGAATTCATGGTGTCCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGCGTGGTGCCCATCCTGGTGGAGCTGGATGGCGACGTGAACGGCCACAAGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGGTGACCACCC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
DS2 ACGGCCACAAGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGATCACATGAAGCAGCACGATTTCTTCAAGAGCGCCATGCCCGAGGGCTACGTGCAGGAGCGCACCATCAGCTTCAAGGATGACGGCACCTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGATACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGATTTCAAGGAGGATGGCAACATCCTGGGCCACAAGCTGGAGTACAACTTCAACAGCCACAACGTGTACATCACCGCCGATAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGCCAACTTCAAGATCCGCCACAATGTGGAGGATGGCTCCGTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGGTGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGTGGCGCAGCAACGCCGGCGGCAGCGGATCCTCGGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGTCGACAGATTATAAAGACCACGATGGAGACTATAAAGATCATGACATTGACTACAAGGATGACGACGACAAGTAGGAAGATTGCCAAGATGATATAGTTATAAAGGAAGATTGCCATGATGATAAGTTAAATACATACATGCCGTGATAGGATTTCAAAAGTAGCAAACATC
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EV1 CGTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGGTGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGTGGCGCAGCAACGCCGGCGGCAGCGGATCCTCGGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGTCGACAGATTATAAAGACCACGATGGAGACTATAAAGATCATGACATTGACTACAAGGATGACGACGACAAGTAGGAAGATTGCCAAGATGATATAGTTATAAAGGAAGATTGCCATGATGATAAGTTAAATACATACATGCCGTGATAGGATATCAAAAGTAGCAAACATC
|
||
Genes in pFlyFos vector
| Gene | Clone relative | Genome relative | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Name | Length | Start | End | Strand | Start | End | Strand |
| DsRed | 716 | 8417 | 9132 | + | 8417 | 9132 | + |
Features
| Start (Source) | End (Source) | Start | End | Strand | Type | Name | Source | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| pFlyFos | ||||||||
| 1 | 107 | 1 | 107 | - | cds | LacZ | epicentre | |
| 4 | 21 | 4 | 21 | - | primer_bind | CC2_rev | epicentre | |
| 310 | 593 | 310 | 593 | + | misc_recomb | attB | epicentre | |
| 727 | 1386 | 727 | 1386 | - | cds | Cat | epicentre | |
| 1605 | 1952 | 1605 | 1952 | + | cds | redF | epicentre | |
| 2336 | 2953 | 2336 | 2953 | + | rep_origin | oriV | epicentre | |
| 2953 | 3007 | 2953 | 3007 | + | rep_origin | ori2 | epicentre | |
| 3347 | 4102 | 3347 | 4102 | + | cds | repE | epicentre | |
| 4681 | 5856 | 4681 | 5856 | + | cds | parA | epicentre | |
| 5856 | 6827 | 5856 | 6827 | + | cds | parB | epicentre | |
| 6900 | 7417 | 6900 | 7417 | + | repeat_region | parC | epicentre | |
| 7633 | 8031 | 7633 | 8031 | + | misc_binding | cos | epicentre | |
| 8049 | 8082 | 8049 | 8082 | + | misc_recomb | loxP | epicentre | |
| 8182 | 8416 | 8182 | 8416 | + | promoter | 3xP3 | epicentre | |
| 8417 | 9132 | 8417 | 9132 | + | gene | DsRed | epicentre | |
| 8452 | 9132 | 8452 | 9132 | + | cds | DsRed | epicentre | |
| 9284 | 9334 | 9284 | 9334 | + | terminator | SV40 | epicentre | |
| 9408 | 9630 | 9408 | 9630 | - | cds | LacZ | epicentre | |
| 9559 | 9576 | 9559 | 9576 | + | primer_bind | T7 | epicentre | |
| 9610 | 9627 | 9610 | 9627 | + | primer_bind | CC2_fwd | epicentre | |
| dmel-5.43-3L | ||||||||
| 8500569 | 8502865 | 15340 | 17636 | - | gene | ZC3H3 | coding_transcript | |
| 8503138 | 8506104 | 17909 | 20875 | + | gene | CG6745 | coding_transcript | |
| 8505866 | 8511708 | 20637 | 27541 | + | gene | CG6765 | coding_transcript | |
| 8506969 | 8507991 | 21740 | 23824 | - | gene | CG6683 | coding_transcript | |
| 8506969 | 8507991 | 21740 | 23824 | - | mrna | FBtr0076655 | coding_transcript | |
| 8506969 | 8507741 | 21740 | 23574 | - | exon | coding_transcript | ||
| 8506969 | 8507295 | 21740 | 22066 | - | three_prime_utr | coding_transcript | ||
| 8507296 | 8507741 | 22067 | 23574 | - | cds | coding_transcript | ||
| p2XTY1-SGFP-V5-preTEV-BLRP-3XFLAG | ||||||||
| 2437 | 2470 | 22143 | 22176 | - | misc_recomb | FRT | CLC | |
| 2358 | 2429 | 22184 | 22255 | - | cds | BLRP | CLC | |
| 2337 | 2357 | 22256 | 22276 | - | cds | TEV | CLC | |
| 2313 | 2336 | 22277 | 22300 | - | cds | Precision cut site | CLC | |
| 2271 | 2312 | 22301 | 22342 | - | cds | V5 | CLC | |
| 1548 | 2264 | 22349 | 23065 | - | cds | SGFP | CLC | |
| 1482 | 1541 | 23072 | 23131 | - | cds | 2xTY1 | CLC | |
| dmel-5.43-3L | ||||||||
| 8507742 | 8507799 | 23575 | 23632 | - | intron | coding_transcript | ||
| 8507800 | 8507991 | 23633 | 23824 | - | exon | coding_transcript | ||
| 8507800 | 8507947 | 23633 | 23780 | - | cds | coding_transcript | ||
| 8507948 | 8507991 | 23781 | 23824 | - | five_prime_utr | coding_transcript | ||
| 8511988 | 8513410 | 27821 | 29243 | + | gene | CG6776 | coding_transcript | |
| 8513652 | 8514596 | 29485 | 30429 | + | gene | se | coding_transcript | |
| 8514539 | 8516600 | 30372 | 32433 | - | gene | CG6673 | coding_transcript | |
| 8516842 | 8517961 | 32675 | 33794 | - | gene | CG6662 | coding_transcript | |
| 8518344 | 8527084 | 34177 | 42917 | + | gene | foi | coding_transcript | |
Sets
Oligos
| Name/Sequence | Export |
|---|---|
|
CG6683[22069]::S000169_fly_pretag_rev
TCATCATGGCAATCTTCCTTTATAACTATATCATCTTGGCAATCTTCCTActtgtcgtcgtcatccttgtagtca
|
Fasta
|
|
CG6683[22069]::S000169_fly_pretag_fwd
AATGCAATCTGCGCGCCCTGAACGACGAGCAAATCGATGATATAGTTATTgaagtgcataccaatcaggacccgc
|
Fasta
|