Clone: 3185971607969933 E01
Tagged gene: trk
Identifier: FBgn0003751
| Clone | FlyFos015384(pRedFlp-Hgr)(trk[19510]::S000169_fly_pretag)::2XTY1-SGFP-V5-preTEV-BLRP-3XFLAGdFRT |
|---|---|
| Library | FlyFos 5.43 D.mel in E. coli EPI300 |
| Genome | Species: Drosophila melanogaster, Release: 5.43 |
GenBank
GFF
Validation
| Type | Status | Download / View |
|---|---|---|
| Grows in selection | good | |
| NGS-based tag validation | bad | |
| Whole tag sequencing | incomplete | download [show/hide details] |
GENOME<<>>TAG TAG<<>>GENOME
PREDICTED GATTTTGATCACCGCAGAGAAGTTTGAGAATGATTATACGCAGCTCTGGATTTGGGAAGAAATAGCGGTTAACTTTTGCTGTGAATGTGTTATGCTATACGAAGTGCATACCAATCAGGACCCGCTGGACGAGGTTCACACAAACCAAGATCCACTTGATGAATTCATGGTGTCCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGCGTGGTGCCCATCCTGGTGGAGCTGGATGGCGACGTGAACGGCCACAAGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGATCACATGAAGCAGCACGATTTCTTCAAGAGCGCCATGCCCGAGGGCTACGTGCAGGAGCGCACCATCAGCTTCAAGGATGACGGCACCTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGATACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGATTTCAAGGAGGATGGCAACATCCTGGGCCACAAGCTGGAGTACAACTTCAACAGCCACAACGTGTACATCACCGCCGATAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGCCAACTTCAAGATCCGCCACAATGTGGAGGATGGCTCCGTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGGTGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGTGGCGCAGCAACGCCGGCGGCAGCGGATCCTCGGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGTCGACAGATTATAAAGACCACGATGGAGACTATAAAGATCATGACATTGACTACAAGGATGACGACGACAAGTAGTAGCGCCATTTAATCAAGATTTAATTAATATACACGTTTAAAATGTCAACAAAAAACTTTAATAGCATTGGGAACAACAGATACCTTAATGGGTCTT
COVERAGE 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EV6 ATGTGTTATGCTATACGAAGTGCATACCAATCAGGACCCGCTGGACGAGGTTCACACAAACCAAGATCCACTTGATGAATTCATGGTGTCCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGCGTGGTGCCCATCCTGGTGGAGCTGGATGGCGACGTGAACGGCCACAAGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGG
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| | | || |||||||||| ||||||
DS2 AGTTCAGCGTGCGCGGCGAGGGCGAGGGCGACGCCACCAACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTGGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGATCACATGAAGCAGCACGATTTCTTCAAGAGCGCCATGCCCGAGGGCTACGTGCAGGAGCGCACCATCAGCTTCAAGGATGACGGCACCTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGATACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGATTTCAAGGAGGATGGCAACATCCTGGGCCACAAGCTGGAGTACAACTTCAACAGCCACAACGTGTACATCACCGCCGATAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGCCAACTTCAAGATCCGCCACAATGTGGAGGATGGCTCCGTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGATGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGGGGCGCAGCAACGCCGGCGCCACTGGATCCTCTGTAGGTCTCTATTCTCTACAAAGTA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EV1 TGGCTCCGTGCAGCTGGCCGATCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCAGTGCTGCTGCCCGATAACCACTACCTGAGCACCCAGAGCGTGCTGTCCAAGGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTGCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGCATCACCCTGGGCATGGATGAGCTGTACAAGCTCGAGGGCAAGCCCATCCCCAACCCCCTGCTGGGCCTGGATAGCACCCTGGAGGTGCTGTTCCAGGGCCCCGAGAACCTGTACTTCCAGGGCATGGCCAGCAGCCTGCGCCAGATCCTGGATAGCCAGAAGATGGAGTGGCGCAGCAACGCCGGCGGCAGCGGATCCTCGGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGTCGACAGATTATAAAGACCACGATGGAGACTATAAAGATCATGACATTGACTACAAGGATGACGACG-CAAGTAGTAGCGCCATTTAATCAAGATTTAATTAATATACACGTTTAAAATGTCAACAAAAAACTTTAATAGCATTGGGAACAACAGATACCTTAATGGGTCTT
|
||
Genes in pFlyFos vector
| Gene | Clone relative | Genome relative | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Name | Length | Start | End | Strand | Start | End | Strand |
| DsRed | 716 | 8417 | 9132 | + | 8417 | 9132 | + |
Features
| Start (Source) | End (Source) | Start | End | Strand | Type | Name | Source | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| pFlyFos | ||||||||
| 1 | 107 | 1 | 107 | - | cds | LacZ | epicentre | |
| 4 | 21 | 4 | 21 | - | primer_bind | CC2_rev | epicentre | |
| 310 | 593 | 310 | 593 | + | misc_recomb | attB | epicentre | |
| 727 | 1386 | 727 | 1386 | - | cds | Cat | epicentre | |
| 1605 | 1952 | 1605 | 1952 | + | cds | redF | epicentre | |
| 2336 | 2953 | 2336 | 2953 | + | rep_origin | oriV | epicentre | |
| 2953 | 3007 | 2953 | 3007 | + | rep_origin | ori2 | epicentre | |
| 3347 | 4102 | 3347 | 4102 | + | cds | repE | epicentre | |
| 4681 | 5856 | 4681 | 5856 | + | cds | parA | epicentre | |
| 5856 | 6827 | 5856 | 6827 | + | cds | parB | epicentre | |
| 6900 | 7417 | 6900 | 7417 | + | repeat_region | parC | epicentre | |
| 7633 | 8031 | 7633 | 8031 | + | misc_binding | cos | epicentre | |
| 8049 | 8082 | 8049 | 8082 | + | misc_recomb | loxP | epicentre | |
| 8182 | 8416 | 8182 | 8416 | + | promoter | 3xP3 | epicentre | |
| 8417 | 9132 | 8417 | 9132 | + | gene | DsRed | epicentre | |
| 8452 | 9132 | 8452 | 9132 | + | cds | DsRed | epicentre | |
| 9284 | 9334 | 9284 | 9334 | + | terminator | SV40 | epicentre | |
| 9408 | 9630 | 9408 | 9630 | - | cds | LacZ | epicentre | |
| 9559 | 9576 | 9559 | 9576 | + | primer_bind | T7 | epicentre | |
| 9610 | 9627 | 9610 | 9627 | + | primer_bind | CC2_fwd | epicentre | |
| dmel-5.43-2L | ||||||||
| 10262426 | 10263582 | 10432 | 11588 | - | gene | Rsf1 | coding_transcript | |
| 10264131 | 10265229 | 12137 | 13235 | + | gene | CG18619 | coding_transcript | |
| 10265339 | 10266570 | 13345 | 14576 | + | gene | Mob3 | coding_transcript | |
| 10266705 | 10268748 | 14711 | 16754 | + | gene | CG4953 | coding_transcript | |
| 10268875 | 10269904 | 16881 | 17910 | + | gene | CG4957 | coding_transcript | |
| 10270067 | 10271465 | 18073 | 19471 | + | gene | Mulk | coding_transcript | |
| 10271443 | 10272223 | 19449 | 21291 | - | gene | trk | coding_transcript | |
| 10271443 | 10272223 | 19449 | 21291 | - | mrna | FBtr0080078 | coding_transcript | |
| 10271443 | 10272223 | 19449 | 21291 | - | exon | coding_transcript | ||
| 10271443 | 10271501 | 19449 | 19507 | - | three_prime_utr | coding_transcript | ||
| 10271457 | 10271465 | 19463 | 19471 | + | three_prime_utr | coding_transcript | ||
| 10271502 | 10272209 | 19508 | 21277 | - | cds | coding_transcript | ||
| p2XTY1-SGFP-V5-preTEV-BLRP-3XFLAG | ||||||||
| 2437 | 2470 | 19584 | 19617 | - | misc_recomb | FRT | CLC | |
| 2358 | 2429 | 19625 | 19696 | - | cds | BLRP | CLC | |
| 2337 | 2357 | 19697 | 19717 | - | cds | TEV | CLC | |
| 2313 | 2336 | 19718 | 19741 | - | cds | Precision cut site | CLC | |
| 2271 | 2312 | 19742 | 19783 | - | cds | V5 | CLC | |
| 1548 | 2264 | 19790 | 20506 | - | cds | SGFP | CLC | |
| 1482 | 1541 | 20513 | 20572 | - | cds | 2xTY1 | CLC | |
| dmel-5.43-2L | ||||||||
| 10272210 | 10272223 | 21278 | 21291 | - | five_prime_utr | coding_transcript | ||
| 10272627 | 10278811 | 21695 | 27879 | - | gene | Utx | coding_transcript | |
| 10278951 | 10280846 | 28019 | 29914 | - | gene | CG34043 | coding_transcript | |
Sets
Oligos
| Name/Sequence | Export |
|---|---|
|
trk[19510]::S000169_fly_pretag_rev
GACATTTTAAACGTGTATATTAATTAAATCTTGATTAAATGGCGCTACTActtgtcgtcgtcatccttgtagtca
|
Fasta
|
|
trk[19510]::S000169_fly_pretag_fwd
TTTGGGAAGAAATAGCGGTTAACTTTTGCTGTGAATGTGTTATGCTATACgaagtgcataccaatcaggacccgc
|
Fasta
|